学报编辑部是校属院（系）一级学术机构，由学校直接领导。编辑部设文科编辑室、理科编辑室和办公室。现有人员 10 名。
学报编辑部负责编辑出版国家教育部主管，南开大学主办的《南开学报》（哲学社会科学版）和《南开大学学报》（自然科学版）两种学术期刊。

《南开学报》（哲学社会科学版）是南开大学主办的人文社会科学综合类学术期刊，创刊于 1955 年，是新中国创刊较早的高校文科学报之一，为教育部名刊工程首批入选学报。该刊坚持正确的办刊方向，突出学术理论特色，刊发具有理论深度和学术价值的研究性文章， 注意反映社会科学研究各领域的新成果、新信息，鼓励创新，支持争鸣。

《南开大学学报》（自然科学版）是南开大学主办的自然科学综合类学术期刊，创刊于1955年，是新中国创刊较早的高校理科学报之一。 《南开大学学报》坚持正确的办刊方向，突出学术理论特色，刊发具有理论深度和学术价值的研究性文章，注意反映自然科学研究各领域的新成果、新信息，鼓励创新，支持争鸣。